Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26
Дополнительные действия
Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику
Формула расчет оценки
Накоп = Округление(0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ + 0.3 Экзамен), где ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть ДЗ - средняя за ДЗ КВИЗЫ - средняя за КВИЗЫ Если все квизы и ДЗ написаны удовлетворительно,то студент может получить автомат по формуле: Накоп = Округление((0.3*ДЗ + 0.3*ПРОЕКТ + 0.1*КВИЗЫ)/7*10) Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Лекции и семинары
| # | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) |
|---|---|---|---|
| 1 | 22.01 |
Метагеномика часть 1 лекция |
Введение в R. тетрадка |
| 2 | 29.01 |
Метагеномика часть 2. Abundance analysis лекция |
Практика в R. тетрадка |
| 3 | 05.02 |
Метагеномика часть 3. Diversity, correlation, annotation лекция |
Практика в R. тетрадка |
| 4 | 12.02 |
Метагеномика часть 4. |
Практика в R. |
| 5 | 19.02 |
Введение в эпигеномику слайды |
|
| 6 | 26.02 |
Метилирование ДНК слайды |
Нуклеотидный состав генома и CpG островки. |
| 7 | 05.03 |
Методы определения метилирования ДНК слайды |
|
| 8 | 12.03 |
Модификации гистонов, проект ENCODE слайды |
Знакомство с Encode. |
| 9 | 19.03 |
ChIP-seq слайды |
Модификации гистонов |
| 10 | 02.04 |
Доступность хроматина ATAC-seq слайды |
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy тетрадка |
| 11 | 16.04 |
Введение в структуру хроматина слайды |
higlass: слайды |
| 12 | 23.04 |
3-dimensional genome слайды |
Работа с данными HiC тетрадка |
| 13 | 30.04 |
3-dimensional genome (часть 2) слайды |
Cooltools. Cooler |
| 14 | 14.05 | Секвенирование отдельных клеток в эпигеномике. Мультиомика. презентация | Проект (введение) |
Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования
Формула расчет оценки
Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.7 ) Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Лекции и семинары
| # | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) |
|---|---|---|---|
| 1 | 04.09 |
Введение в молекулярную биологию лекция |
Создание аккаунтов на серверах инструкция |
| 2 | 11.09 |
Методы секвенирования ДНК лекция |
Введение в github и Google colab. Sra toolkit тетрадка |
| 3 | 18.09 |
Сборка генома слайды |
FastQC, MultiQC, cборка генома |
| 4 | 26.09 |
Алгоритмы предсказания генов слайды |
Алгоритмы предсказания генов. Практика |
| 5 | 03.10 |
Аннотация функций генов. Домены. слайды |
InterPro. PFam. HMMER. |
| 6 | 9.10 |
Сдвиг рамки считывания |
Семинар |
| 7 | 16.10 |
Некодирующие РНК слайды |
Infernal, tRNAscan |
| 8 | 23.10 |
Введение в РНК-сек слайды |
Введение в R, Deseq2 |
| 9 | 06.11 |
Анализ данных РНК-сек слайды |
ДЗ3 РНК-сек. scRNA-seq QC тетрадка |
| 10 | 13.11 |
Анализ данных РНК-сек часть 2 слайды |
Семинар тетрадка |
| 9 | 27.11 |
Определение типа клеток. слайды |
Семинар тетрадка |
| 9 | 06.11 |
Остальные виды анализа данных РНК-сек слайды |
ДЗ34 scРНК-сек |