https://www.wikicshse.ru/index.php?action=history&feed=atom&title=%D0%9F%D1%80%D0%B5%D0%B4%D1%81%D0%BA%D0%B0%D0%B7%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D0%B5_%D1%8D%D0%BF%D0%B8%D1%82%D0%BE%D0%BF%D0%BE%D0%B2_T-%D0%BA%D0%BB%D0%B5%D1%82%D0%BE%D0%BA_%28%D0%BF%D1%80%D0%BE%D0%B5%D0%BA%D1%82%29Предсказание эпитопов T-клеток (проект) - История изменений2026-06-06T17:04:19ZИстория изменений этой страницы в викиMediaWiki 1.45.3https://www.wikicshse.ru/index.php?title=%D0%9F%D1%80%D0%B5%D0%B4%D1%81%D0%BA%D0%B0%D0%B7%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D0%B5_%D1%8D%D0%BF%D0%B8%D1%82%D0%BE%D0%BF%D0%BE%D0%B2_T-%D0%BA%D0%BB%D0%B5%D1%82%D0%BE%D0%BA_(%D0%BF%D1%80%D0%BE%D0%B5%D0%BA%D1%82)&diff=1969&oldid=previmported>Ira dolgaleva: Migrated current public revision from wiki.cs.hse.ru2015-10-20T07:47:36Z<p>Migrated current public revision from wiki.cs.hse.ru</p>
<p><b>Новая страница</b></p><div>{{Карточка_проекта<br />
|name=Предсказание эпитопов T-клеток<br />
|mentor=Степанова Вита<br />
|mentor_login={{URLENCODE:Vita Stepanova|WIKI}}<br />
|semester=Весна 2015<br />
|course=1<br />
|summer=<br />
|categorize=yes<br />
|is_archived=yes<br />
}}<br />
<br />
=== Что это за проект? ===<br />
Задача распознавания антигенных участков белков (эпитопов) является ключевой при создании синтетических вакцин, иммунодиагностических тестов и производстве антител. Экспериментальное решение этой задачи требует большого колчества финансовых и временных ресурсов. Биоинформатическое предсказание эпитопов в таком случае является мощным инструментом для биологов и медиков. В настоящее время существует достаточное количество белков с размеченными известными эпитопами, чтобы применить накопленные знания для создания программ-предсказателей. Итогом этой проектной работы станет программа по предсказанию антигенного участка в последовательности любого случайного белка.<br />
<br />
=== Чему вы научитесь? ===<br />
Основы молекулярной биологии и иммунологии<br /><br />
Знакомство с биоинформатическими базами данных<br /><br />
Применение методов машинного обучения для решения биологических задач<br />
<br />
=== Какие начальные требования? ===<br />
Знание Python или другого языка программирования<br /><br />
Желание разобраться в методах машинного обучения<br /><br />
Базовые знания молекулярной биологии и иммунологии или желание изучить биологию <br/><br />
''Все необходимые навыки и знания будут рассказаны студентам на вводных лекциях''<br />
<br />
=== Какие будут использоваться технологии? ===<br />
В процессе работы над проектом студенты позакомятся с устройством баз данных T-клеточных эпитопов (IEDB, AntiJen, SYFPEITHI и др.), научатся использовать программы выравнивания белков (muscle, mafft и др.).<br />
<br />
=== Темы вводных занятий ===<br />
Биолого-химические особенности эпитопов<br /><br />
Существующие способы предсказания эпитопов<br /><br />
Методы машинного обучения<br />
<br />
=== Направления развития ===<br />
Для удобства учёных и врачей решение может быть реализовано с удобным, понятным интерфейсом, результат работы программы может быть визаулизирован и нанесён на первичную и третичную структуру белка. Продвинутые студенты могут применить и адаптировать программу к решению задач поиска B-клеточных эпитопов.<br />
<br />
=== Критерии оценки ===<br />
4-5 - реализовать алгоритм предсказания антигенного сайта для любой случайной последовательности белка на основе существующх баз данных<br /><br />
6-7 - учесть биолого-химические особенности эпитопов<br /><br />
8-10 - реализовать комбинированный алгоритм, имплементировать простой веб-интерфейс для ввода последовательности белков.</div>imported>Ira dolgaleva