imported>Dkonovalov: /* Лекции и семинары */

2024-05-28T14:22:35Z

Лекции и семинары

Новая страница

== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление(0.4*ДЗ + 0.4*ПРОЕКТ), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть

Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Примерный план занятий

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 11.01
||
Введение в эпигеномику [https://disk.yandex.ru/i/OO5NIkkWsgDjRQ видео] [https://docs.google.com/presentation/d/1BeYSPdQh0GgXQn74wR1yS375LO4QvoVn/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Формат .bed и утилита bedtools
[https://colab.research.google.com/drive/12KTBm9wAQGoLmKjPIkublh6zjw4njlRl?usp=sharing тетрадка]
|-
| 2
|| 18.01
||
Метилирование ДНК (введение) [https://disk.yandex.ru/i/OJU43cA8rspOBQ видео] [https://docs.google.com/presentation/d/1aP6mQBnXY-3dtgucSDh2BLiTNgFbUn8p/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК [https://docs.google.com/document/d/1PpUvPFn1yhvFUM6D6-0q6HNvwHJwUzbW93yq-kLrZvM/edit?usp=sharing текст] [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 3
|| 25.01
||
Методы определения метилирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1xLhH_i9tJtSFbV0vtNVIqEheCZlCYb5I/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/8sPsoWXwB04RuQ видео]
||
Анализ частоты CpG [https://colab.research.google.com/drive/1hkMeUfRTvbfBn-FUPdZ_S1b7X-PJKn_V?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4
|| 01.02
||
Модификации гистонов, проект ENCODE [https://docs.google.com/presentation/d/1t6q8UIaEgODyJP9ea8JdwnQW2DDFnweG/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/sAyTLG1_xxOK_Q видео]
||
'''ДЗ-2''' Модификации гистонов [https://docs.google.com/document/d/18jRc5YmGriclwmLXh7dLODdslgzvqXtMTcBgAy76vvc/edit?usp=sharing текст]
|-
| 5
|| 08.02
||
ChIP-seq [https://docs.google.com/presentation/d/1KJ_LJT-Ao6ntrm-TchbONtsVCiCUvr1K/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/TpqbyQ4h6meZ4A видео]
||
NSG-plot
|-
|| 6
|| 15.02
||
Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) [https://docs.google.com/presentation/d/1CHjWdzeHJTYSb-LM5bmyg0nastwF_deJ/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://youtu.be/BFDxSyHdzo8?si=EgmWyry_o2vL842P видео]
||
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка] [https://disk.yandex.ru/i/r8YnixlTjj3qfg видео]
|-
| 7
|| 22.02
|| miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы.
|| miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы.
|-
| 8
|| 29.02
||
ChromHMM [https://docs.google.com/presentation/d/1zESDh1_SPOHCWHf5ssLNAX-VZuFcRh0e_-mBS-SJ7Ts/edit?usp=sharing слайды][https://disk.yandex.ru/i/prRpcFfN9ysDcA видео]
||
'''ДЗ-3''' ChromHMM [https://docs.google.com/document/d/1G5T6NO4f769bvVnoGs7kOHdPIbO5NLHj9clu4E-95YE/edit?usp=sharing текст]
|-
| 9
|| 07.03
||
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/14i4mFy8XXU5ituFH3sP_G88w-R9a68Va/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/vAJZyLvL5H-7hA видео]
||
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/14i4mFy8XXU5ituFH3sP_G88w-R9a68Va/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 10
|| 14.03
||
Пространственная транскриптомика [https://docs.google.com/presentation/d/1135gwMgU25gXW7k03iEMpnfoJ_fC2ddu5_iMvOKwNeQ/edit?usp=sharing слайды] [https://disk.yandex.ru/i/A5n4fWjP1HmOoA видео]
||
Работа с данными [https://colab.research.google.com/drive/1MCIsPeeqUvetNYOxjK9CS4k3iCppanz2?usp=sharing тетрадка]
|-
| 11
|| 21.03
||
Введение в структуру хроматина [https://docs.google.com/presentation/d/10-dflNdf-u0Iv-yX9YcJ4VgHgdjQBQ5P/edit?usp=drive_link&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды][https://disk.yandex.ru/i/AKSSCRgd3OqvpA видео]
||
higlass: [https://docs.google.com/presentation/d/10-dflNdf-u0Iv-yX9YcJ4VgHgdjQBQ5P/edit?usp=drive_link&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 12
|| 04.04
||
3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) [https://docs.google.com/presentation/d/10L4cMKE3xdk61JZP39erzkcm46ubLuis/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/aq_m2oyxqOWVhg видео]
||
Работа с данными HiC
|-
| 13
|| 11.04
||
3-dimensional genome (часть 2) [https://docs.google.com/presentation/d/1L3syoghY0E04aKEZKJdIFSHudjuHI0SB/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/mHbcQ0N7bfAFNw видео]
||
Cooltools. Cooler
|-
| 13
|| 18.04
||
Chromatin structure: feature calling [https://docs.google.com/presentation/d/1x__gdMtAcUyYrtqPkeJTLGZE60e2yU8u2GjafHhBgeA/edit?usp=sharing слайды] [https://disk.yandex.ru/i/XKiJ6YNyiuEEGw видео]
|| Chromatin structure: feature calling
|-
| 14
|| 25.04
|| Квиз
|| Проект (введени)
|-
| 15
|| 16.05
||
Проект (выбор белков и организация в группы) [https://disk.yandex.ru/i/ql993LXa2WwqjA видео]
|| -
|-
| 16
|| 23.05
||
Проект (вводные презентации групп) [https://disk.yandex.ru/i/G_1lTYTQ-6oX1Q видео]
||
Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта
|-
| 17
|| 30.05
||
Проект (вводные презентации групп 2)
||
Проект (групповая часть)
|-
| 18
|| 06.06
|colspan="2" style="text-align: center;"| Защита проектов группами
|-
| 19
|| 13.06
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
|
|}

== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 07.09
||
Введение в молекулярную биологию [https://docs.google.com/presentation/d/1v67ofTbXs1zwCHXLeEO5foQRt2qFtUSs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true презентация] [https://disk.yandex.ru/i/RCXsoOQKHTUAig видео]
||
Создание аккаунтов на серверах [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=IMwjTw инструкция]
|-
| 2
|| 14.09
||
Методы секвенирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1psM1yVHSo7Nw3o2XMuGvBD11oylynJFu/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/9IP3uZpyI6Ua5Q видео]
|| Введение в github и Google colab [https://colab.research.google.com/drive/1YlGpA_OLwR48mIO3MWuHbwFZk4D4fYwS?usp=sharing команды с занятия]
|-
| 3
|| 21.09
||
Сборка генома [https://docs.google.com/presentation/d/16sZRHNNLHTl8FSH5GXlwgHwLNN_jJro0/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/HF46XKDfPQSwxg видео]
||
'''ДЗ1''' Сборка генома [https://docs.google.com/document/d/1crbL0gFkk2kBEFMSB9gfqFCCE1LeV9wf61u3l0Q2ADo/edit?usp=sharing текст]
|-
| 4
|| 28.09
||
Алгоритмы предсказания генов [https://docs.google.com/presentation/d/17Ls3CJf72FO4CIr_opALrZK4X3aYbGI1/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды][https://disk.yandex.ru/i/HNzi6StDoIE9wg видео]

||
Алгоритмы предсказания генов. Практика
|-
| 5
|| 05.10
||
Аннотация функций генов [https://disk.yandex.ru/i/PYUo8Fj5fnOhmg видео] [https://docs.google.com/presentation/d/1Ct7lvWRWiPuKaRBDKtxHM5E4sXEN-LGN/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ2''' Аннотация генома
|-
| 6
|| 12.10
||
Сдвиг рамки считывания [https://docs.google.com/presentation/d/1-0qj9XnMwz_tT8xYVSTlu-oNwIYOzNNn/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/ewVdnEGMomWDbQ видео]
||
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1big1iWBEjcaKkpqkkUn7UGAagffXRluf?usp=sharing тетрадка]
|-
| 7
|| 19.10
||
Геном человека и некодирующие РНК [https://disk.yandex.ru/i/JEkyK9sU6NzDhA видео] [https://docs.google.com/presentation/d/1Ej6zMr7t979QKULmTQOeCNMExD5Rd3LU/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ3''' Предсказание генов [https://docs.google.com/document/d/1on3buu4MTF_E5IC6Aa2jwGncWPoUR-Xvw1LeLomSz6Q/edit?usp=sharing текст]
|-
|
||
!scope="row" colspan="2"| Сессия
|-
| 8
|| 02.11
||
Введение в РНК-сек [https://disk.yandex.ru/i/OPTAZfvSDj_Ljw видео] [https://docs.google.com/presentation/d/12j8h7g6biR1L28TXsN8K3I2kuSpBC4Uy/edit?usp=drive_link&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ4''' РНК-сек [https://docs.google.com/document/d/1EBUeVC1JdKV3eRgfAFVvFxlPxuF4Wgo4AFG6KDHIc6c/edit?usp=sharing текст]
|-
| 9
|| 09.11
||
Анализ данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/14YX0cJuSRs33FSZRO64VG851Mjqq37ch/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/yRTjy5O7i1sY9A видео ]
||
Анализ данных РНК-сек
|-
| 11
|| 16.11
||
Секвенирование отдельных клеток [https://disk.yandex.ru/i/Q6CkgPoxnQ7NIg видео] [https://docs.google.com/presentation/d/1TkAd7eVwyzJOvxHX1HquhIwWHJGRoepv/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ5''' single cell РНК-сек [https://docs.google.com/document/d/1ugGy1wBI2SI0rvMdN8pi-MaXEvqEGYtJGOiyF3vYsEM/edit?usp=sharing текст]
|-
| 12
|| 23.11
|| Проверочная работа по теме РНК-сек
|| Разбор '''ДЗ5''' single cell РНК-сек [https://disk.yandex.ru/i/cYa27Ev-7A08xg видео]
|-
| 13
|| 30.11
|| GWAS [https://disk.yandex.ru/i/bOKkqErQXUBsRQ видео] [https://docs.google.com/presentation/d/1QP58986eOHH7wCEQHQeL-TR50Dsaiw9L/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|| GWAS [https://disk.yandex.ru/i/bOKkqErQXUBsRQ видео] [https://docs.google.com/presentation/d/1QP58986eOHH7wCEQHQeL-TR50Dsaiw9L/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 14
|| 07.12
|| Метагеномика. Лекция [https://docs.google.com/presentation/d/1jysJ0qOUvN0ohjSezbiWUATvIX0AX9f93LdMuulMjww/edit?usp=sharing ссылка]
|| Семинар
|-
| 15
|| 14.12
|| Заключение
|| Заключение. Дописывание квиза.
|-
| 16
|| 21.12
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
|-
|}

Майнор Биоинформатика 2 год 2023/24 - История изменений

imported>Dkonovalov: /* Лекции и семинары */